西藏藏医药大学藏药系成立于2007年，其前身为原藏医药系药理教研室。自2007年开办藏药专业本科教育以来，已培养了700多名藏药人才，是西藏藏医药大学重点建设、办学成绩卓著的系部之一。

藏药系开设有藏药学、市场营销、中（藏）药制药三个本科专业，有中药学（藏药）专业一级学科硕士学位授权点。藏药学（生药学）、藏药学（方剂学）、藏药基础理论入选国家中医药管理局中医药重点建设学科，藏药学入选自治区级重点学科。2007年藏药植物学入选西藏自治区级精品课程。

现有教职工22名，其中专职教师16名，教授4人，副教授5人，硕士研究生以上学历14人，拥有国家特殊津贴专家1人，国家高层次人才特殊支持计划领军人才1人，中医药高等学校教学名师1人，自治区学术技术带头人1人，自治区政府特殊津贴专家1人，自治区高校教学名师1人，已形成了一支高职称、高学历为主的高水平师资队伍。

藏药系服务于学校建设高质量发展的藏医药大学建设目标，稳步推进特色专业建设，探索新时代人才培养模式改革，不断提高人才培养水平，力争将学科专业建设成为西部地区和全国同类民族医学院校中具有一定优势和影响力的特色学科专业，成为西藏自治区藏药专业人才培养基地和科研示范基地。